Proces ogrzewania podłogi związany jest ze znacznymi zmianami temperatury i niewłaściwy dobór podłogi może powodować miejscowe spękania, a często i bezpowrotne zniszczenie. Dlatego też na ogrzewanie podłogowe należy stosować tylko podłogi do tego przeznaczone.
Gatunki drewna odpowiednie do zastosowania na ogrzewanie podłogowe: dąb, jesion, jatoba, merbau, doussie. Najlepszym rozwiązaniem na ogrzewanie podłogowe jest parkiet warstwowy. Jest on cieńszy i straty ciepła są wtedy bardzo małe.